La modificación de su estructura da lugar a diferentes “generaciones”. Total Clean Life, explica las diferencias entre cada una de ellas:
La primera generación, que corresponde al Cloruro de Benzalconio, es la que presenta menos actividad biocida, y, por su antigüedad, probablemente mayor resistencia bacterianas al producto.
La segunda generación, que corresponde a los derivados del Cloruro de Benzalconio, presenta menor toxicidad y mayor biodegradabilidad en comparación a la primera, aunque su eficiencia bactericida es menor. No existe ya comercialmente.
La tercera generación surge de la mezcla entre amonios de primera y segunda generación, presentando una mayor actividad biocida, detergencia y seguridad para el ser humano, debido a su relativa baja toxicidad. Es la mezcla de las dos primeras generaciones de cuaternarios: cloruro de benzalconio (1a Generación) y el cloruro de alquil dimetil bencil amonio (2a Generación). El uso de la mezcla coadyuva a evitar la resistencia bacteriana al uso constante de una sola molécula.
La cuarta generación son productos cuaternarios con cadenas dialquílicas lineales y sin anillo bencénico, también denominados “Twin or Dual Chain Quats” o cuaternarios de “cadena gemela”. Estos cuaternarios son superiores en cuanto a actividad germicida, son de baja espuma y tienen una alta tolerancia a las cargas de proteína y al agua dura. Se recomiendan para desinfección en industria alimenticia y de bebidas, ya que se pueden aplicar por su baja toxicidad.
Finalmente, la quinta generación resulta de mezclar la cuarta generación con compuestos complementarios. Se caracteriza por una eficiencia germicida superior a las generaciones anteriores, baja producción de espuma y alta tolerancia en cargas proteicas y aguas duras. Además, es más noble con el medio ambiente y presenta una baja toxicidad para el ser humano. La quinta generación tiene un desempeño mayor germicida en condiciones hostiles y es de uso seguro.

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